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基因組裝配和序列分析

更新時間:2015-05-28 點擊量:666


美國能源部聯合基因組研究所DOE JGI是微生物基因組測序的,ELISA試劑盒致力于在生物能源和環境領域開發微生物的潛在應用價值。同時,DOE JGI的科學家們也在努力開發新的工具,以便對基因組進行更經濟有效的裝配和序列分析。

近年來,DNA測序的通量顯著增加,測序成本不斷降低,但基因組裝配仍面臨著不小的挑戰。現有技術一般是先通過測序得到DNA序列的短片段,然后利用計算機方法將其組裝成長片段,從而確定序列順序并對目標序列進行研究。這樣的裝配相當于,要在不知道zui終圖形的情況下,完成數百萬片的拼圖。如何將這些大量短片段有效組裝起來,一直是基因組裝配面臨的一大難題。

現在,DOE JGI、PacBio公司和華盛頓大學合作,開發了一種改良版的基因組裝配方法,文章于五月五日發表在Nature Methods雜志上。研究人員將槍法DNA文庫與單分子實時DNA測序(SMRT技術)結合起來,對三種微生物基因組實現了高質量的從頭裝配。

該技術名為分級基因組裝配HGAP,是一種“從DNA樣品制備到完成基因組的全自動工作流程"。PacBio公司的單分子實時DNA測序平臺,ELISA試劑盒能夠生成超長的測序讀段,HGAP技術正是得益于此。

Sanger測序技術能夠很好的覆蓋測序中的缺口,度非常高。傳統的Sanger測序技術需要創建多個DNA文庫,進行多次測序,并且要整合大量數據。目前人們往往將Sanger方法與其他測序技術結合起來,以便獲得*化的結果,不過這樣的方法一般仍然需要制備多個文庫。研究人員指出,HGAP技術只需要制備一個槍法DNA文庫,而且不需要用高精度的原始讀段來進行校正。

“在JGI專家的幫助下,我們改進了單分子測序的基因組裝配方法,生成了可以與Sanger金標方法媲美的高質量完成基因組。"

現在ELISA試劑盒研究團隊正在努力拓展HGAP技術的應用,希望將其用于復雜生物的基因組裝配。

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